秦长城以北的内蒙古及北方广大地区，是匈奴、东胡等游牧民族活动地，秦长城以南的内蒙古主要居住着郡县之民。从秦长城遗迹走向看，今内蒙古地区秦长城以南的巴彦淖尔高原、鄂尔多斯高原、呼和浩特平原、乌兰察布丘陵、赤峰丘陵和科尔沁沙地等部分地区，属秦朝版图，统治者设置郡县，进行管辖 。
秦朝建立以后，进一步完善春秋战国以来实行的郡县制度，最初在全国设36郡，其中就包括九原郡。
九原郡：战国赵建九原城，秦败赵国，占据九原置郡，治所在今包头市西郊麻池古城北城。辖境今内蒙古黄河以北的磴口县、杭锦后旗、临河市、五原县、乌拉特前旗、包头市区、固阳县南部及黄河以南的杭锦旗、达拉特旗等地，都是秦朝九原郡的辖区。九原郡是北上漠北，南下关中的交通枢纽，地理位置十分重要。
在秦代，内蒙古部分地区第一次纳入统一的秦王朝郡县统治之下，这是内蒙古区域史上划时代的大事，使得古代的内蒙古密切了同内地的经济文化交往，进一步成为多种经济生产方式和多种文化汇聚交融的地区。
